মৌলভী শামসুল হককে করা হয় সাধারণ সম্পাদক। সাথে শেখ মুজিবুর রহমান, খন্দকার মোশতাক আহমদ ও এ কে রফিকুল হোসেনকে যুগ্ম সাধারণ সম্পাদকের দায়িত্ব দেওয়া হয়। সে কমিটির কোষাধ্যক্ষ হন ইয়ার মোহাম্মদ খান। অন্যদিকে, পুরো পাকিস্তানের ক্ষেত্রে সংগঠনটির নাম রাখা হয় নিখিল পাকিস্তান আওয়ামী মুসলিম লীগ। এর সভাপতি হন হোসেন শহীদ সোহরাওয়ার্দী। সেক্রেটারি জেনারেল হন মাহমুদুল হক ওসমানী।
নওয়াবজাদা নসরুল্লাহ খান হন পশ্চিম পাকিস্তান আওয়ামী মুসলিম লীগের সভাপতি নির্বাচিত হন। প্রতিষ্ঠার পর ১৯৪৯ থেকে ১৯৫৭ সাল পর্যন্ত চারটি কাউন্সিলে সভাপতি নির্বাচিত হন মাওলানা আবদুল হামিদ খান ভাসানী।
আর দ্বিতীয় কাউন্সিল থেকে ১৯৬৬ সাল পর্যন্ত দলের সাধারণ সম্পাদক হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন শেখ মুজিবুর রহমান। ১৯৫৫ আওয়ামী মুসলিম লীগের যে কাউন্সিল অনুষ্ঠিত হয়, সে কাউন্সিলে আবারো সভাপতি হন মওলানা ভাসানী ও সেক্রেটারি হন শেখ মুজিবুর রহমান। ১৯৫৫ সালের কাউন্সিলের অনেক আগ থেকেই মওলানা ভাসানী চাচ্ছিলেন দলের নাম থেকে মুসলিম শব্দটি বাদ দিতে।
কিন্তু এতে সম্মত ছিলেন না দলের কেন্দ্রীয় প্রধান বা নিখিল পাকিস্তান আওয়ামী মুসলিম লীগ সভাপতি হোসেন শহীদ সোহরাওয়ার্দী। এবিষয়ে লেখক ও গবেষক মহিউদ্দিন আহমদ বিবিসিকে বলেন, ”মওলানা ভাসানী দলকে অসাম্প্রদায়িক করতে মুসলিম শব্দটি বাদ দেয়ার জন্য জোর দিচ্ছিলেন, কিন্তু হোসেন শহীদ সোহরাওয়ার্দী চাইছিলেন যে মুসলিম শব্দটি থাকুন। কারণ তার ভয় ছিল, এটা বাদ হলে পশ্চিম পাকিস্তানে জনপ্রিয়তা কমে যাবে”।
অবশেষে ১৯৫৫ আওয়ামী মুসলিম লীগে যে কাউন্সিলেই দলের নাম থেকে মুসলিম শব্দটি বাদ দেয়া হয়। আওয়ামী মুসলিম লীগ থেকে মুসলিম শব্দ বাদ দিয়ে দলের নাম শুধু আওয়ামী লীগ করার পরেও পররাষ্ট্রনীতি নিয়ে মতাদর্শগত ভিন্নতার কারণে মাওলানা আবদুল হামিদ খান ভাসানী এরপর বেশি দিন থাকতে পারেননি দলটিতে।
১৯৫৭ সালে তিনি দল থেকে পদত্যাগ করেন। ১৯৫৬ সালে পাকিস্তানের প্রধানমন্ত্রী হিসেবে হোসেন শহীদ সোহরাওয়ার্দীকে নিয়োগ দেন প্রেসিডেন্ট ইস্কান্দার মীর্জা। সে হিসেবে তখন আওয়ামী লীগ ছিল পাকিস্তান সরকারে। এবিষয়ে লেখক মহিউদ্দিন আহমদ বিবিসিকে বলেন, ”তখন আওয়ামী লীগ পাকিস্তানের সরকারে। সে সময় যুক্তরাষ্ট্রের সঙ্গে পাকিস্তানের কয়েকটি সামরিক চুক্তি হয়। সিয়াটো এবং সেন্টো সামরিক জোটে পাকিস্তান সদস্য ছিল। মওলানা ভাসানী এবং দলের মধ্যে থাকা বামপন্থীরা চাপ দিচ্ছিলেন যাতে আওয়ামী লীগ মার্কিন সামরিক জোট থেকে বেরিয়ে আসে। সোহরাওয়াদীকে মার্কিন চুক্তির সমর্থক বলে মনে করা হতো। পাক-মার্কিন সামরিক চুক্তি বাতিলের দাবি করছিলেন মওলানা ভাসানী, কিন্তু তাতে রাজি হননি প্রধানমন্ত্রী সোহরাওয়ার্দী।” ওই বিরোধের একটা পর্যায়ে এসে পূর্ব পাকিস্তানের টাঙ্গাইলের কাগমারিতে আওয়ামী লীগের বিশেষ সম্মেলন অনুষ্ঠিত হয়।
সম্মেলনে মওলানা ভাসানীর প্রস্তাবটি ভোটাভুটিতে হেরে যায়। এরপর ১৮ মার্চ পূর্ব পাকিস্তান আওয়ামী লীগের সভাপতির দায়িত্ব থেকে পদত্যাগ করেন মওলানা ভাসানী। সেই বছর ২৫শে জুলাই তিনি ঢাকার রূপমহল সিনেমা হলে ন্যাশনাল আওয়ামী পার্টি (ন্যাপ) গঠন করেন। আওয়ামী লীগ থেকে বেরিয়ে অনেক নেতা তার নতুন দলে যোগ দেন, যাদের মধ্যে ছিলেন প্রতিষ্ঠাতা সদস্য ইয়ার মোহাম্মদ খানও। তখন আওয়ামী লীগের ভারপ্রাপ্ত সভাপতি হন মাওলানা আবদুর রশীদ তর্কবাগীশ। সাধারণ সম্পাদক হিসাবে থাকেন শেখ মুজিবুর রহমান।
